Bởi hậu quả nghiêm trọng mà cơn bão gây ra tại Trung Mỹ và một vài địa điểm khác ở Bắc Mỹ, Tổ chức Khí tượng Thế giới đã khai tử tên bão Mitch vào mùa xuân năm 1999. Cái tên Mitch sẽ không bao giờ còn được dùng để đặt tên cho một cơn bão Đại Tây Dương. Thay thế cho Mitch là Matthew và tên này đã được sử dụng kể từ mùa bão Bắc Đại Tây Dương 2004.

Sau thảm họa do Mitch gây ra, các quốc gia trên thế giới đã quyên góp một khoản viện trợ đáng kể với tổng trị giá 6,3 tỷ USD (USD 1998). Ở khắp Trung Mỹ, khu vực đang trong quá trình hồi phục từ cuộc khủng hoảng kinh tế năm 1996, nguyện vọng của nhiều người là tiếp tục phát triển cơ sở hạ tầng và nền kinh tế. Thêm vào đó, sau khi chứng kiến hậu quả của cơn bão, chính phủ các nước bị ảnh hưởng đã có những động thái nhằm cố gắng ngăn chặn một thảm họa tương tự lặp lại trong tương lai.[39]

Hàng trăm ngàn người đã mất nhà cửa, tuy nhiên nhiều người đã coi đó như là cơ hội để xây dựng lại những căn nhà kiên cố hơn. Với một nền móng mới và có sự củng cố về mặt cấu trúc, các căn nhà được tái thiết kể để có thể đứng vững trước bão. Tuy nhiên, việc thiếu đi diện tích đất trồng trọt đã khiến nhiều người lâm vào cảnh thất nghiệp; và mức thu nhập vốn đã thấp nay còn giảm xuống thấp hơn.[40]

Theo sau bão là các loại dịch bệnh bùng phát bao gồm tả, xoắn khuẩn vàng da, và sốt xuất huyết. Có hơn 2.328 trường hợp mắc tả được báo cáo, trong đó 34 người đã tử vong. Guatemala là quốc gia chịu ảnh hưởng nặng nhất từ các loại bệnh do vi khuẩn với đa phần các ca tử vong có nguyên nhân từ nước nhiễm mầm bệnh. Tại Nicaragua, 450 ca mắc xoắn khuẩn vàng da đã được báo cáo với 7 trong số đó tử vong. Cũng theo báo cáo đã có khoảng 1.357 ca mắc sốt xuất huyết, tuy nhiên không có trường hợp nào tử vong do căn bệnh này.[41]

Trong quãng thời gian ít di chuyển trên vùng biển Tây Caribe, gió mạnh từ Mitch đã tạo ra những con sóng lớn gây thiệt hại đến các rạn san hô tại đây. Tiếp theo, lượng mưa khổng lồ cơn bão tạo ra đã dẫn tới tình trạng ô nhiễm với những mảnh rác vụn và lượng nước ngọt lớn, điều này gây ra những chứng bệnh cho san hô. Dù vậy, hiện tượng nước trồi do bão đã làm giảm nhiệt độ nước biển bề mặt, giúp ngăn các rạn san hô khỏi bị tẩy trắng và hủy hoại đáng kể.[42]

Tổng thống Honduras thời điểm đó là Carlos Roberto Flores phát biểu rằng thảm họa Mitch đã hủy hoại 50 năm tiến trình phát triển của quốc gia này.[8] Hàng triệu nạn nhân của bão tại Honduras đã nhận được những sự viện trợ lớn lao. Mexico đã nhanh tay giúp đỡ với 700 tấn lương thực, 11 tấn thuốc men, 4 máy bay cùng các nhân viên cứu hộ, và chó nghiệp vụ tìm kiếm. Cuba cũng đã gửi một đội ngũ các bác sĩ đến Honduras.[43] Chính phủ Mỹ đề nghị đặt quân đội ở Honduras và rồi rút quân sau khi bão qua vài ngày. Ban đầu họ đề nghị gửi một khoản viện trợ ít ỏi có tổng trị giá chỉ là 2 triệu USD (USD 1998), điều này đã làm cho người dân cũng như tổng thống Honduras Carlos Roberto Flores cảm thấy sốc. Về sau Mỹ đã tăng số tiền viện trợ đề nghị lên thành 70 triệu USD (USD 1998).[44] Chính quyền Honduras đã phân phối lương thực, nước sạch, dịch vụ y tế đến các nạn nhân của bão, trong đó có hơn 4 triệu người hiện đang thiếu nước sinh hoạt.[39] Ban đầu đất nước này đã phải trải qua tình trạng thất nghiệp gia tăng mạnh, phần lớn do đất trồng trọt bị phá hủy. Tuy nhiên, quá trình tái xây dựng đã tạo việc làm cho người dân trong những năm tiếp theo.[15] Ở Costa Rica, hoạt động tái thiết sau bão đã giúp làm tăng số lượng việc làm lên 5,9%, qua đó tương ứng giúp làm giảm nhẹ tỷ lệ thất nghiệp.[11]